في ظل هجمات متواصلة تشنها مخلوقات وحشية تُدعى «الملائكة» تسعى إلى إبادة البشرية، تستعين وكالة خاصة تابعة للأمم المتحدة بطيارتين جديدتين لقيادة الوحدات القتالية العملاقة دفاعًا عن مدينة طوكيو-3: الأولى غامضة والثانية حادة الطباع. وفي الأثناء يمضي قائد الوكالة ومنظمة سرية في مشروع خفي يتورط فيه طيّاران آخران.