Paha velho Shang Tsung on johtanut Outworld-maailman joukot yhdeksään peräkkäiseen voittoon universumienvälisessä Mortal Kombat -turnauksessa. Jos Maan ulottuvuus häviää vielä kymmenennen kerran, Outworld valloittaa sen. Varmistaakseen voittonsa Shang Tsung lähettää parhaan salamurhaajansa, jäätä hallitsevan kryomaantiko Sub-Zeron, eliminoimaan Maan tulevat taistelijat jo ennen turnauksen alkua. Kohteeksi joutuu entinen vapaaottelija Cole Young, joka elää tavallista perhe-elämää tietämättömänä mystisestä perinnöstään tai rinnassaan olevasta lohikäärmeen muotoisesta syntymämerkistä. Sub-Zeron hyökkäyksen jälkeen Cole pakenee perheensä turvallisuuden vuoksi ja lyöttäytyy yhteen muiden merkin kantajien - kuten Sonya Bladen, Jaxin ja Liu Kangin - kanssa Lordi Raidenin temppelillä. Siellä Colen ja muiden kokemattomien taistelijoiden on herätettävä sielunsa sisältä kumpuava yliluonnollinen erikoisvoima, arcana, voidakseen selviytyä Outworldin hyökkääjistä ja pelastaakseen maailman.