Mario ja Luigi ovat asettuneet Sienivaltakuntaan, jossa he nauttivat uudesta elämästään. He joutuvat kuitenkin fantastiseen seikkailuun, kun salaperäinen avunhuuto paljastaa prinsessa Peachin tuntemattoman menneisyyden ja Mario ja Luigi joutuvat jälleen kerran tapahtumien keskipisteeseen. Yhdessä uusien ystäviensä kanssa heidät lähetetään upealle, galaksien väliselle matkalle uusien maailmojen ja odottamattomien liittoutumien läpi.