A nagy szívű Beethoven a Hollywood-i filmes kitérő után épp hazafelé tart állatgondozójával, Eddie-vel, mikor egy tengerparti kis faluban rekednek. Itt Beethoven összebarátkozik egy helyi kisfiúval és segít neki megtalálni egy régi kalóz térképet, ami végül az egész kisváros életét felbolygatja.