New Century Zero si svolge molti anni dopo gli eventi di "Zoid: Chaotic Century". Gli Zoid ora non sono più usati per la guerra e vengono impiegati in una serie di competizioni e tornei sportivi gestiti dalla "Zoid Battle Commission". La storia è incentrata su una delle squadre coinvolte in queste competizioni, il Blitz Team, capitanato da Liger Zero e Bit Cloud.