인간과 신비한 종족들의 휴전으로 잠든 황금 군단을 깨우기 위해, 누아다 왕자는 군단을 지배하는 왕관의 조각들을 찾아 나선다. 인간에게 빼앗긴 세계를 되찾으려는 그의 공격이 도시에서 시작되자 초자연현상 연구방어국의 헬보이와 동료들이 조사에 투입된다. 불을 다루는 연인 리즈와 마음을 읽는 에이브, 새로운 책임자 요한은 기이한 생명체들이 숨어 사는 세계로 들어간다. 달아난 누알라 공주와 마주하면서 일행은 눈앞의 사건이 오래된 종족 간 갈등과 연결되어 있음을 알게 된다. 하지만 인간을 위해 싸우면서도 괴물로 취급받는 헬보이는 자신이 지키는 세계에서 어디에 속하는지 흔들린다. 멈추지 않는 기계 군단이 다시 움직이기 전에, 서로 다른 존재들이 힘을 모아 왕자의 길을 막아야 한다.