존 스미스가 영국에서 목숨을 잃었다는 소식에 포카혼타스는 깊은 슬픔에 잠긴다. 그러던 중 영국 국왕 제임스의 명을 받은 존 롤프가 마을을 찾아와, 원주민의 땅에 군대를 보내려는 국왕을 막으려면 추장이 직접 런던에 와서 협상해야 한다고 전한다. 아버지를 대신해 바다를 건너기로 한 포카혼타스는 너구리 미코와 강아지 퍼시, 벌새 플릿과 함께 낯선 도시 런던에 도착한다. 처음 보는 문명과 예법에 당황하면서도 그녀는 존 롤프의 도움을 받아 왕궁 무도회를 준비하고, 두 사람 사이에는 미묘한 감정이 싹튼다. 그러나 그녀의 부족을 노리는 래트클리프의 음모가 점점 그녀를 옥죄어 온다.