높은 다이빙대에서 뛰어내리지 못하는 소년 바스티안은 용기를 얻을 방법을 찾다가 다시 오래된 서점의 신비한 책을 펼친다. 책 속에서 어린 여왕이 도움을 청하는 목소리를 들은 그는 환상 세계 판타지아로 들어가 친구 아트레유와 재회한다. 왕국에는 마녀 자이드가 퍼뜨린 공허가 번지고 있으며, 바스티안은 소원을 이루어주는 아우린의 힘으로 위기를 돌파하려 한다. 그러나 마녀는 소년이 소원을 빌 때마다 현실의 기억 하나가 지워지도록 장치를 만들어 그의 모험을 방해한다. 바스티안이 거듭 마법에 기대는 동안 현실의 아버지는 사라진 아들을 찾다가 남겨진 책에 아들의 행적이 쓰이는 것을 발견한다. 무엇이든 바꿀 수 있는 힘을 얻은 소년은 자신이 왜 이곳에 왔는지 끝까지 기억할 수 있을까?