스팍을 잃고 지구로 돌아온 커크와 동료들은 엔터프라이즈호의 퇴역 명령을 받고, 맥코이가 보이는 이상한 행동에도 마음을 놓지 못한다. 스팍의 아버지 사렉이 찾아오면서 맥코이 안에 스팍의 정신이 남아 있다는 사실이 밝혀지고, 커크는 두 친구를 위해 길을 나서야 한다고 판단한다. 그러나 스팍의 몸이 있는 제네시스 행성은 정치적으로 민감한 장소라 접근이 금지되어 있다. 그 행성을 조사하는 데이비드와 사비크는 뜻밖의 생명체를 발견하고, 클링온 지휘관 크루그는 제네시스의 힘을 무기로 차지하려 움직인다. 커크는 동료들과 함께 경력을 잃을 위험을 감수하고 엔터프라이즈호를 몰래 출항시킨다. 죽음으로 끝났다고 믿었던 우정을 되찾으려는 항해가 불안정한 행성과 무장한 적을 향해 나아간다.