제2차 세계대전 중 태평양, 갓 임관한 소위 윌리 키스는 낡은 소해구축함 케인호에 배치된다. 기강이 해이한 배에 새로 부임한 함장 퀴그 소령은 엄격한 규율로 부하들을 다잡지만, 사소한 일에 집착하고 위기 앞에서 머뭇거리는 기이한 모습을 점점 드러낸다. 통신장교 키퍼 대위는 함장이 정신적으로 불안정하다며 부함장 매릭 대위를 부추기고, 매릭은 퀴그의 행동을 기록하기 시작한다. 그러던 중 거센 태풍이 배를 덮치고 퀴그가 지휘 중에 얼어붙자, 매릭은 키스의 지지를 얻어 함장의 지휘권을 박탈한다. 무사히 귀항한 이들을 기다리는 것은 반란 혐의로 열리는 군사 법정이고, 변호를 맡은 그린월드 대위는 누구도 원하지 않던 진실과 마주해야 한다.