고질라 마이너스 제로

1949년, 고질라가 사가미만 깊은 바닷속으로 가라앉은 지 2년이 흘렀다. 폐허가 된 일본은 고통스러운 재건 끝에 조금씩 일상을 되찾아 가고, 특공대 출신 조종사였던 시키시마 코이치도 노리코와 결혼하여 입양한 딸 아키코와 함께 소박한 행복을 꾸려 간다. 그러나 힘겹게 얻어낸 평화는 오래가지 않는다. 마쓰모토 시에 정체불명의 용을 닮은 괴수가 나타나 폭풍 같은 바람과 중력 광선으로 도시를 송두리째 들어 올려 부수기 시작한 것이다. '기도라'라는 이름이 붙은 그 괴수는 걷잡을 수 없이 성장하며 일본 전역을 공포로 몰아넣고, 인간의 무기는 그 앞에서 아무런 힘도 쓰지 못한다. 절망이 짙어지던 그때 바다 저편에서 더 거대하고 더 사나워진 그림자가 다시 깨어나고, 살아남았다는 죄책감을 안고 살아온 코이치는 지켜야 할 가족을 뒤로한 채 또다시 조종석에 오를 결심을 한다. 세 번째 기회는 없다. 모든 것이 이곳에서 끝난다...