군인들이 지키는 출입 금지 구역에는 사람의 가장 깊은 소원을 이뤄준다는 방이 있다고 전해진다. 사람들을 몰래 그곳으로 이끄는 안내자 스토커는 아내의 만류에도 작가와 교수를 만나 위험한 길에 오른다. 영감을 잃어가는 작가와 구역을 연구하려는 교수는 각자의 목적을 숨긴 채, 평범한 법칙이 통하지 않는다는 폐허로 들어간다. 스토커는 눈에 보이지 않는 위험을 경계하며 우회로를 고집하지만, 동행자들은 그의 지시와 방의 존재 자체를 의심하기 시작한다. 버려진 철길과 건물을 지나며 나누는 대화 속에서 세 사람은 믿음과 욕망, 자신들이 여기까지 온 이유를 서로에게 묻는다. 모든 소망이 닿을 수 있다는 장소에 가까워질수록, 그들이 정말 바라는 것이 무엇인지에 대한 확신은 오히려 흔들린다.