거대한 에너지를 품은 정체불명의 물체가 우주를 가로질러 지구로 향하자, 인류는 그 목적조차 알 수 없는 위협에 놓인다. 일선에서 물러나 있던 커크는 현장으로 돌아와 엔터프라이즈호의 지휘를 맡고 미지의 존재를 향한 항해를 준비한다. 그러나 자신을 대신해 함선을 이끌던 덱커와 판단이 엇갈리면서, 임무를 앞둔 지휘실에는 불편한 긴장이 흐른다. 대원들은 물체가 내보내는 신호를 분석하며 접근을 시도하지만 익숙한 교신과 대응만으로는 상대를 이해할 수 없다. 지구에 도달하기 전에 무엇을 원하는지 알아내야 하는 커크는 함선 안의 갈등을 다스리며 더 깊은 곳으로 진입한다. 파괴할 적인지 대화할 상대인지조차 분명하지 않은 존재 앞에서, 엔터프라이즈호는 인류를 대신해 답을 찾아야 한다.