제1차 세계대전이 동아프리카까지 번지자 선교사인 오빠와 살던 로즈는 독일군이 마을을 짓밟고 오빠마저 세상을 떠나는 일을 겪는다. 갈 곳을 잃은 그녀는 선장 찰리의 낡은 증기선 아프리카의 여왕호에 올라 위험한 지역을 벗어나려 한다. 술과 거친 말에 익숙한 찰리와 엄격한 신앙을 지닌 로즈는 좁은 배 안에서 생활 방식부터 끊임없이 부딪힌다. 찰리가 몸을 숨긴 채 전쟁을 피하려는 것과 달리 로즈는 강 하류의 독일 군함을 공격하자는 대담한 계획을 내놓는다. 작은 배로 급류와 적의 요새를 통과해야 하는 항해가 이어지면서, 서로를 못마땅해하던 두 사람도 상대의 판단에 목숨을 맡겨야 한다. 피난을 위해 시작한 동행은 물러서지 않는 여인과 마지못해 따르는 선장을 거친 강물 속으로 이끈다.