파리에 머물던 기호학자 로버트 랭던은 한밤중 루브르 박물관으로 호출되어 살해된 큐레이터가 남긴 흔적을 마주한다. 시신 주변의 암호 속에 자신의 이름까지 등장하면서, 수사에 협조하러 온 그는 오히려 경찰이 의심하는 인물이 된다. 큐레이터의 손녀이자 암호 전문가 소피 느뷔는 할아버지가 메시지를 남겼다고 믿고 랭던과 함께 단서를 풀기 시작한다. 다 빈치의 그림 속 수수께끼를 따라갈수록 두 사람은 오래된 비밀결사와 종교적 믿음을 뒤흔들 기록의 존재에 접근한다. 경찰의 추격을 피하며 다음 목적지로 향하는 동안, 비밀을 지키거나 없애려는 이들도 점차 모습을 드러낸다. 한 사람의 죽음에서 시작된 암호를 끝까지 읽어 내려가려면, 익숙한 역사와 눈앞의 조력자마저 다시 의심해야 한다.