고질라 마이너스 원

1945년, 패전을 앞둔 일본. 특공대원 시키시마 코이치는 출격 도중 기체 고장을 핑계로 오도 섬의 수비대 기지에 불시착한다. 그날 밤 전설 속 괴수가 섬을 덮치고, 코이치는 눈앞에서 정비병들이 쓰러져 가는 동안 끝내 방아쇠를 당기지 못한다. 살아남았다는 죄책감을 안고 돌아온 도쿄는 이미 잿더미로 변해 있고, 부모마저 공습으로 세상을 떠났다. 폐허 속에서 남의 아기를 품에 안은 채 홀로 버티던 노리코를 만나 함께 지내게 된 코이치는 바다에 남은 기뢰를 제거하는 위험한 일을 하며 조금씩 삶을 다시 꾸려 간다. 그러나 전쟁은 아직 끝나지 않았다. 핵실험의 열기 속에서 더욱 거대하고 강력해진 괴물, 고질라가 일본을 향해 다가오고 있었다. 군대도 무기도 남지 않은 나라, 모든 것을 잃은 사람들은 무엇으로 이 재앙에 맞설 수 있을까...