비밀 작전에서 전사한 부하들의 유가족이 보상받지 못하자 해병대 장군 험멜은 정부에 맞서기 위해 위험한 계획을 실행한다. 무장한 부하들과 알카트라즈섬을 장악한 그는 관광객들을 인질로 잡고, 요구를 거부하면 독가스를 실은 로켓을 샌프란시스코에 쏘겠다고 위협한다. 사태를 해결하려는 FBI는 화학무기 전문가 굿스피드를 투입하지만, 연구실에 익숙한 그에게 무장 병력이 지키는 섬은 낯선 현장이다. 침투 경로를 안내할 사람으로는 비밀리에 수감되어 있던 존 메이슨이 선택된다. 이 감옥에서 살아서 탈출한 메이슨과 독가스를 해체할 굿스피드는 서로를 믿을 틈도 없이 작전에 동행한다. 도시 전체를 겨눈 발사 시한이 다가오는 가운데, 두 사람은 나오는 것조차 불가능하다는 감옥 안으로 들어간다.