Сюжет сериала разворачивается в антиутопическом мире будущего, где после эпидемии вируса популяция людей сократилась до 1%. Эон Флакс, первоклассный секретный агент государства Моника, должна совершить тайную и смертельно опасную операцию на территории конкурирующего государства Бренна.