Parçalanmış bir zaman çizelgesinden yeni bir tehdit ortaya çıktığında, Sonic Ekibi kendilerini daha önce hiç yaşamadıkları türden bir maceranın içinde bulur. Kaos Zümrütleri farklı zaman dilimlerine dağılmış durumdayken; Sonic, hem eski hem de yeni dostlarıyla birlikte, tehlikeli bir alternatif zaman çizelgesinin gerçeğe dönüşmesini engellemek için geçmiş, bugün ve gelecek arasında bir yolculuğa çıkmak zorundadır.