Đây là bộ phim điện ảnh thứ hai của loạt Thunderbolt được người hâm mộ mong đợi từ lâu. Trái Đất, tám tháng sau khi Chiến tranh Một Năm kết thúc. Đại úy Monica triển khai một nhiệm vụ bí mật, 'Chiến dịch Thunderbolt,' và chọn Io làm phi công cho Atlas Gundam.