Năm T.C. 4767. Bốn nghìn năm đã trôi qua kể từ khi nhân loại bỏ quê hương, hành tinh Trái Đất. Bị người ngoài hành tinh Gnosis thù địch vây hãm, loài người đang tìm cách đánh bại mối đe dọa tồn vong. Việc kỹ sư Vector Shion Uzuki phát triển KOS-MOS (android chuyên dụng với khả năng phi thường) là một đáp trả. Nhưng khi tàu bị Gnosis phá hủy, Shion và đồng bạn bị đẩy vào giữa trận chiến không rõ phe...